Lebensmittelbetriebe reinigen häufig mit Säuren und Laugen. Deshalb muss das Abwasser je nach pH-Wert neutralisiert werden (Neutralisationsanlage), bevor es der Kläranlage zugeleitet werden darf. Saure oder alkalische Abwässer können die Reinigungsleistung von Kläranlagen beeinträchtigen. Säuren sind sogar in der Lage, Abwasserleitungen aus Zement oder Beton zu zerstören.

Fette und Öle sind ebenfalls problematisch für das Leitungsnetz. Deshalb sollten diese zurückgehalten werden (z.B. Fettabscheider).

Abwasser aus Lebensmittelbetrieben ist häufig stark mit leicht abbaubaren organischen Stoffen belastet. Diese werden von Mikroorganismen in einer Kläranlage oder einem natürlichen Gewässer mit Hilfe von im Wasser gelösten Sauerstoff abgebaut. Grössere Mengen solcher Abwässer können dazu führen, dass in einem Gewässer oder in der biologischen Stufe einer Kläranlage der Sauerstoff ausgeht. Das kann im schlimmsten Fall zu einem Ausfall der Kläranlage oder einem Fischsterben enden.

Biologische Abfälle müssen fachgerecht entsorgt werden. In gewissen Fällen können sie als Tierfutter oder in einer Vergärungsanlage verwertet oder zu Kompost verarbeitet werden.

Stellen die Abfälle aufgrund ihrer Eigenschaften eine Gefahr für die Umwelt dar, gelten sie als Sonderabfall oder kontrollpflichtigen Abfall und müssen daher an eine spezielle Entsorgungsfirma abgegeben werden. 

Entsorgung von Speiseabfällen:

Biogene Abfälle wie Speise- und Rüstabfälle müssen rein stofflich oder durch Vergären verwertet werden (gemäss Verordnung über die Vermeidung und Entsorgung von Abfällen [VVEA], SR 814.600). Ausnahmen gibt es, wenn sie sich aufgrund ihrer Eigenschaften nicht dafür eignen (Nährstoff- und Schadstoffgehalt), sie nicht separat gesammelt wurden oder die Verwertung durch andere Vorschriften des Bundesrechts verboten ist. In diesen Ausnahmefällen sind die biogenen Abfälle soweit wie möglich und sinnvoll in Kehrichtverwertungsanlagen zu entsorgen (energetische resp. thermische Behandlung nach Art. 14 Abs. 2 VVEA).

Zudem dürfen Abfälle nicht über das Abwasser entsorgt werden (Art. 10 der Gewässerschutzverordnung [GSchV], SR 814.201). Dies gilt sowohl für feste als auch für flüssige Abfälle.

Aus diesen Gründen sind auch jegliche Maschinen verboten, welche Bioabfall (biogene Abfälle) unter Verwendung von Enzymen zersetzen und die flüssigen Rückstände in die Kanalisation spülen (z.B. ExBio-Maschinen). Das Baurekursgericht des Kantons Zürich hat einen diesbezüglichen Grundsatzentscheid des AWEL gestützt und einen Rekurs gegen eine Verfügung des AWEL abgewiesen. Der Entscheid ist rechtskräftig.

Lebensmittelbetriebe nutzen häufig Säuren und Laugen. Diese sind auf separaten Auffangwannen zu lagern. Als Desinfektionsmittel werden oftmals besonders reaktionsfähige Produkte, die Peressigsäure, Alkohol oder Hypochlorit enthalten, verwendet. Um gefährliche Reaktionen unter den Stoffen zu verhindern, sind bei der Lagerung die Zusammenlagerungsvorschriften zu beachten.

Flüssige Lebensmittel mit geringem Zucker- oder Fettgehalt (z.B. Süssgetränke oder Milch) werden als nicht wassergefährdend eingestuft. Sie benötigen im Einzugsgebiet von kleinen Abwasserreinigungsanlagen (ARA) erst ab Tanklastwagengrösse ein Rückhaltevolumen.

Organisch hochkonzentrierten und biologisch leicht abbaubaren flüssigen Lebensmitteln (z.B. Sirup, Stärke, Öle) wird die Wassergefährdungsklasse 1 zugeordnet. Denn während der schnellen Zersetzung in einem Gewässer kann es rasch zu Sauerstoffmangel kommen. Mit verheerenden Folgen für Fische und Wasserlebewesen: sie ersticken.

Lagern Betriebe eine grosse Menge Lebensmittel, überschreiten Sie gegebenenfalls die Mengengrenze zur Rückhaltepflicht von Löschwasser. Besonders problematisch sind Zucker, Stärke, Proteine, Fett und Öle. Beispielsweise ist ein Käselager von 100 Tonnen rückhaltepflichtig. Überschreitet ein Lager die Mengengrenze, müssen Lebensmittelbetriebe Massnahmen zum Rückhalt des verunreinigten Löschwassers, zum Beispiel Löschwasserbarrieren, umsetzen.

Reinigungstätigkeiten dürfen im Freien nur dann durchgeführt werden, wenn die entsprechende Fläche abflussfrei ist oder via Schmutzabwasserkanalisation in eine Kläranlage (ARA) entwässert wird.

Liegen Heizöltanks oder Lager mit wassergefährdenden Stoffen unter dem anzunehmenden Hochwasserniveau, können Massnahmen zum Schutz vor Hochwasser verlangt werden.

In seltenen Fällen kann ein Lebensmittelbetrieb aufgrund der grossen Menge gelagerter wassergefährdender Stoffe und Zubereitungen (z.B. Reinigungs- oder Desinfektionsmittel oder Kältemittel für die Raumkühlung) in den Geltungsbereich der Störfallverordnung fallen. Dann ist eine Abklärung der möglichen Schädigungen von Mensch oder Umwelt notwendig.