Änderungen gelten als wesentlich, wenn sie einen spürbaren Einfluss auf die Wirkung der Massnahme haben. Ist aufgrund der Änderung eine spürbar geringere Wirkung zu erwarten, kann der Bund den Beitrag reduzieren oder – sofern eine massiv geringere Wirkung zu erwarten ist – gänzlich verweigern sowie eine Rückzahlung bereits ausbezahlter Beiträge verlangen. Beispiele für wesentliche Projektänderungen sind: geänderte Linienführung, geografische Verschiebung einer punktuellen Massnahme, alternative Lösung für Problembehebung (z.B. Brücke statt Unterführung). 

Projektänderungen sind während der Planungs- und Projektierungsphase sowie während der Realisierung möglich. Sie müssen aber dem Amt für Mobilität gemeldet werden, sobald sie entschieden sind. 

Für wesentliche Projektänderungen müssen die entsprechenden Projektunterlagen beim Amt für Mobilität eingereicht werden. Welche Unterlagen eingereicht werden müssen, ist individuell mit dem Amt für Mobilität abzustimmen. Aus den eingereichten Unterlagen muss nachweisen werden, dass mit der geänderten Massnahme eine vergleichbare oder bessere Wirkung zu erwarten ist oder aufzeigen, wie eine Wirkungseinbusse kompensiert wird. Ist das Amt für Mobilität mit der Projektänderung einverstanden, formuliert es das Gesuch und reicht es beim Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) ein.  

Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) entscheidet über die Gesuche für Projektänderungen möglichst rasch, in der Regel innert 30 Tagen nach Vorliegen der vollständigen Gesuchsunterlagen. Der Entscheid wird vom Amt für Mobilität an die Massnahmenträgerin weitergegeben. 

Die Stornierung einer Massnahme kann dem Amt für Mobilität jederzeit gemeldet werden.  

Um eine Massnahme gegenüber dem Bund zu stornieren, benötigt das Amt für Mobilität von der Massnahmenträgerin eine offizielle Bestätigung. Dies kann ein Beschluss sein (z.B. Volksabstimmung, Parlamentsbeschluss) oder eine offizielle Verzichtserklärung inkl. gute und nachvollziehbare Begründung (von Vorteil ausserhalb Einflussbereich Massnahmenträgerin). Daneben sollte nach Möglichkeit auch dargelegt werden, ob die Wirkung der Massnahme anderweitig erreicht werden kann oder wie auf den Wegfall oder die verspätete Umsetzung reagiert wird. Für Massnahmen, für die der Kanton als Massnahmenträger zuständig ist, muss eine schriftliche Bestätigung eingereicht werden.  

Eine stornierte Massnahme kann in einer nachfolgenden Generation erneut eingegeben werden. Voraussetzungen dafür ist die Erfüllung der Vorgaben für die Eingabe neuer Massnahmen.

Fällt eine Teilmassnahme eines Massnahmenpakets weg, kann diese durch eine andere Massnahme ersetzt werden, sofern die Ersatzmassnahme eine vergleichbare oder bessere Wirkung wie die ersetzte Teilmassnahme aufweist. Voraussetzung dafür ist die Erfüllung der Vorgaben für die Eingabe von Ersatzmassnahmen.

In folgenden Fällen steht der Fristenlauf für eine Massnahme bis zum Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheids still:  

• Gegen ein Bauvorhaben läuft ein Rechtsmittelverfahren 
• Gegen ein Bauvorhaben kommt ein fakultatives Referendum zustande 
• Nach der Festsetzung wird ein Schätzungsverfahren eingeleitet

Eine definitive Lösung zum Fristencontrolling vonseiten des Bundes ist noch ausstehend. In der Zwischenzeit gilt die Vorgabe, dass die Trägerschaft verpflichtet ist, dem Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) bis spätestens 31. März 2025 (3. Generation) bzw. 30. Juni 2028 (4. Generation) zu melden, welche Massnahmen von einem Fristenstillstand betroffen sind. Die Massnahmenträger sollen dem Amt für Mobilität in einem solchen Fall folgende Informationen schriftlich mitteilen:  

• Massnahme, welche vom Fristenstillstand direkt betroffen ist  
• Ereignis, welches den Fristenstillstand ausgelöst hat
• Angabe zu Beginn und Ende des Fristenstillstands  
• allfällige Massnahme(-n), welche von der betroffenen Massnahme unmittelbar abhängt/abhängen

In begründeten Ausnahmefällen kann eine Massnahmenträgerin eine einmalige Nachfrist von drei Jahren beantragen. Soweit die Nachfrist auch für unmittelbar von der verspäteten Massnahme abhängende weitere Massnahmen gelten soll, muss sie dies ausdrücklich beantragen. Kann eine Massnahme nicht innerhalb der geltenden Fristen umgesetzt werden, ist es möglich, sie zu stornieren und in einer späteren Generation erneut einzugeben. Es besteht jedoch kein Anspruch, dass die Massnahme wieder als A-Massnahme aufgenommen wird. Eine Verlängerung der Nachfrist ist nicht möglich. 

Der Antrag um eine Nachfrist muss vom Amt für Mobilität spätestens vier Monate vor Ablauf der Umsetzungsfrist beim Bund eingereicht werden. Das Amt für Mobilität empfiehlt den Massnahmenträgerinnen deshalb, eine Nachfrist frühzeitig beim Amt für Mobilität anzumelden.  

Der Antrag um eine Nachfrist muss objektiv begründet werden. Als objektive Gründe gelten Verzögerungen, die weder von der Trägerschaft noch von der für die Umsetzung verantwortlichen Körperschaft zu verantworten sind, z.B. die Koordination mit Planungen des Bundes. Bei komplexen Bauvorhaben, für welche eine Volksabstimmung nötig ist oder welche kantonsübergreifend sind, kann eine Nachfrist auch ohne objektive Gründe beantragt werden. Dies gilt jedoch nur für zentrale Massnahmen eines Agglomerationsprogramms, die eine Schlüsselfunktion für die Verbesserung des Verkehrssystems für die ganze Agglomeration oder bedeutende Teile davon einnehmen. Bei Änderung oder dem Zusammenlegen von Massnahmen wird keine Nachfrist gewährt.  

Die Angaben zu den Investitionskosten sowie die vom Bund bewilligten Höchstbeiträge basieren je nach Generation auf unterschiedlichen Preisständen:

• AP1 und AP2: Preisstand Oktober 2005 exkl. MWSt.
• AP3: Preisstand April 2016 exkl. MWSt.  
• AP4: Preisstand Oktober 2020 exkl. MWSt.
• AP5 und weitere: Preisstand wird im Rahmen des Prüfprozesses festgelegt 

Die Kosten von Massnahmen, welche den bewilligten Höchstbeitrag (inkl. Teuerung und MWSt.) überschreiten, gehen bei Strassenverkehrsmassnahmen inkl. Fuss- und Veloverkehr ganz zu Lasten der Massnahmenträgerin. Bei Kostenunterschreitungen leistet der Bund lediglich den prozentualen Beitragssatz an die effektiven Aufwendungen.

Beteiligen sich mehrere öffentliche Stellen an den Kosten der Umsetzung, sind die Kosten aller Trägerschaften massgebend für die Ermittlung der anrechenbaren Kosten. Die Beiträge des Bundes werden im Verhältnis ihrer Kostenanteile aufgeteilt. Wenn nur ein Teil der Massnahme anrechenbar ist (z.B. nur die Erstellung eines Radweg bei gleichzeitiger Strassensanierung), gilt der für die anrechenbaren Elemente vereinbarte Kostenteiler. 

Beteiligen sich nicht-staatliche Dritte freiwillig oder aufgrund von gesetzlichen Vorgaben direkt an den Investitionskosten einer Massnahme, gelten diese Kosten als nicht anrechenbar. Leistet beispielsweise eine Eigentümerschaft Anstösserbeiträge gemäss Strassengesetz, erwachsen ihr durch die Massnahme unmittelbar Vorteile (Wertvermehrung des Grundstücks). Da diese Vorteile keine übergeordnete Wirkung entfalten, ist dieser Teil der Kosten nicht agglomerationsrelevant und es werden dafür keine Bundesbeiträge gewährt.  

Einnahmen aus einem gesetzlichen Mehrwertausgleich im direkten Umfeld einer Infrastrukturmassnahme müssen nicht von den anrechenbaren Kosten in Abzug gebracht werden. Mit diesen Zahlungen privater Dritter wird ausschliesslich der planungsbedingte Mehrwert einer Auf-, Um- oder Einzonung abgegolten. Es fehlt somit ein direkter Zusammenhang zwischen der Zahlung Dritter und der vom Bund mitfinanzierten Massnahme.   

Einnahmen aus einem Entwicklungsvertrag o.ä. im direkten Umfeld einer Infrastrukturmassnahme müssen aktuell ebenfalls nicht von den anrechenbaren Kosten abgezogen werden, sofern sie keine besonders bestellten Massnahmen abgelten, welche für die Verkehrsinfrastruktur nicht notwendig wären. Die Anrechenbarkeit klärt das Amt für Mobilität im Einzelfall mit dem Bund. 

Erwächst einem Dritten durch eine Massnahme des Agglomerationsprogramms ein Vorteil, so muss er sich diese anrechnen lassen, falls der Vorteil zwar eine mittelbare Folge, aber keine angestrebte Wirkung der entsprechenden Massnahme ist. Dies betrifft in der Regel öffentliche Stellen mit projektfremdem Vorteil (z.B. Werkeigentümer). Die Regel gilt aber auch bei nicht-staatlichen Dritten, welche direkt von der Massnahme profitieren. Die anrechenbaren Kosten müssen in solchen Fällen anteilsmässig gekürzt werden und im Kostenvoranschlag entsprechend ausgewiesen werden. Die Rechnungen sind als Erlöse oder Einnahmen in der Schlussabrechnung zu verbuchen. 

Bei allen Massnahmen, die über die Baupauschale des Kantons abgegolten werden, erhält der Kanton Zürich den Bundesbeitrag für den überkommunalen Anteil der Massnahmen.

Vorteilsanrechnungen sind als Erlös oder Einnahme zu verbuchen und die anrechenbaren Kosten anteilsmässig zu kürzen.  

Gewisse Kosten gelten unabhängig von der konkreten Massnahme als nicht-anrechenbar. Dazu gehören:  

• reine Sanierungs-, Betriebs- und Unterhaltskosten
• rein dekorative Gestaltungselemente  
• Werkleitungen (sofern nicht Teil des Projekts, z.B. Entwässerung des Velowegs)  
• alle Nicht-Infrastruktur-Kosten

Die Kosten für Bau- und Montagearbeiten, welche im Auftrag Dritter erstellt werden, müssen als nicht anrechenbare Kosten im Kostenvoranschlag aufgeführt werden, wenn alle folgenden Punkte zutreffen:  

• Die Bau- und/oder Montagearbeiten Dritter liegen mindestens teilweise im gleichen Projektperimeter.  
• Die Bau- und/oder Montagearbeiten sind Bestandteil desselben Werkvertrags wie die Massnahme des Agglomerationsprogramms. 
• Die Realisierung erfolgt im selben Zeitraum.  

Nicht relevant ist in dieser Frage, ob diese Arbeiten Dritter in der gleichen Kreditbewilligung aufgeführt sind.  

Grünelemente sind über das Agglomerationsprogramm in der Regel mitfinanzierbar, wenn 

• die Verkehrsinfrastrukturmassnahme ohne sie nicht bewilligungsfähig wäre (gemäss Standards, Normen, Richt- und Leitlinien),
• die Verkehrsinfrastruktur im Vordergrund steht, die Grünelemente jedoch integraler Bestandteil des Projekts sind (z.B. Veloweg durch einen Grünstreifen von der Strasse abgesetzt),
• die Grünelemente die Wirkung der Verkehrsinfrastrukturmassnahme im Sinne der Ziele des Agglomerationsprogramms unterstützen (z.B. Betriebs- und Gestaltungskonzept, welches die Aufenthaltsqualität erhöht). 

Nicht mitfinanzierbar sind Grünelemente, wenn 

• sie den Hauptzweck eines Projekts darstellen (z.B. Parkanlagen ohne wesentliche Verkehrsfunktion), 
• der Natur- und Heimatschutz im Vordergrund steht (z.B. Gewässerrevitalisierung),  
• sie dem stationären Aufenthalt dienen (z.B. Sitzstufen an einem Gewässer). 

Die kreditrechtlichen Beschlüsse und somit auch die budgetierten Beträge sollten, wenn immer möglich, auf den Bruttokredit lauten. Lediglich in Ausnahmefällen ist auch ein Beschluss über den Nettokredit abzüglich des Bundesbeitrags möglich. Die Baukosten werden grundsätzlich von den Massnahmenträgern vorfinanziert. Für effektiv mitfinanzierte Massnahmen kann jeweils zum Jahreswechsel ein Antrag auf Auszahlung von Akonto-Beiträgen eingereicht werden. Es gibt aber keine Garantie für eine Teilauszahlung vor Projektabschluss.