Die Abteilung Bauten vertritt die Interessen der Bildungsdirektion in Immobilienprojekten der Bereiche Sekundarstufe II, Fachhochschule, Universität Zürich, des Amts für Jugend und Berufsberatung und des Zentrums für Gehör und Sprache. Sie übernimmt dabei die Rolle der Bestellerin, Nutzervertreterin, Betreiberin oder Investorin. Die Abteilung teilt sich auf in die Bereiche Hochschulen, Berufs- und Mittelschulen sowie Betrieb.

Die Abteilung Bildungsplanung erhebt, bearbeitet und veröffentlicht im Auftrag des Bundesamtes für Statistik Bildungsdaten des Kantons Zürich. Die Bildungsdaten dienen als Grundlage für Analysen. Zu bestimmten Fragestellungen gibt die Bildungsplanung Evaluationen und Forschungsprojekte in Auftrag. Die Abteilung teilt sich auf in die Bereiche Bildungsstatistik und Bildungsmonitoring.

Die Abteilung Direktionsassistenz organisiert und verwaltet die Termine der Direktionsvorsteherin, empfängt die Gäste, stellt Akten bereit und erledigt diverse Sekretariatsarbeiten.

Die Abteilung Fach- und Rechtsdienst koordiniert kantonale sowie interkantonale Geschäfte und berät die Direktion bei Rechtsfragen. Zudem befasst sie sich mit der Planung und dem Monitoring von Direktionsvorhaben.

Die Fachstelle für Schulbeurteilung ist administrativ der Bildungsdirektion zugeordnet und fachlich unabhängig. Alle fünf Jahre prüft die Fachstelle für Schulbeurteilung die Qualität der Zürcher Volksschulen aus pädagogischer und organisatorischer Sicht.

Die Abteilung Finanzen und Informatik ist verantwortlich für Prozessführung, Koordination und Beratung bei Finanz-, Informatik- und Digitalisierungsangelegenheiten der Direktion. Der Sektor Finanzen ist beispielsweise zuständig für das Direktionscontrolling, den konsolidierten Entwicklungs- und Finanzplan (KEF) sowie den Geschäftsbericht (GB). Der Sektor Informatik engagiert sich für die Entwicklung von Fachapplikationen, stellt die IKT-Grundversorgung sicher und unterstützt die digitale Transformation.

Der Beauftragte für Gewaltprävention im schulischen Umfeld sorgt zusammen mit den verantwortlichen Stellen in der Bildungsdirektion sowie mit Polizei und Justiz dafür, dass die Schulen im Umgang mit Gewalt bestmöglich unterstützt werden. Er beobachtet die Entwicklung von Gewaltphänomenen wie z.B. zielgerichteter schwerer Gewalt (Amok), geschlechtsspezifischer Gewalt, Radikalisierung und Suizidalität im Jugendalter. Er koordiniert die Umsetzung direktionsübergreifender Massnahmen zur Gewaltprävention.

Die Kommunikationsabteilung sorgt dafür, dass Medien, Öffentlichkeit, Mitarbeitende und weitere wichtige Ansprechgruppen transparent und zeitnah informiert sind. Ausserdem ist die Abteilung zuständig für die Redaktion des Schulblatts.

Die Personalabteilung unterstützt die Personalverantwortlichen in den Ämtern und Bereichen in allen Belangen des Personalwesens, insbesondere bei personalrechtlichen Fragestellungen.

Die Rekursabteilung bearbeitet Rekurse und Aufsichtsbeschwerden.