Das Generalsekretariat ist die zentrale Planungs- und Koordinationsstelle der Sicherheitsdirektion. Es ist dem Generalsekretär unterstellt. Zum einen unterstützt und berät es den Vorsteher in seiner Führungsfunktion, zum andern sorgt es für die Umsetzung seiner Entscheidungen in den Ämtern und Dienststellen. Es werden in Zusammenarbeit mit dem Ämtern Entscheidungsgrundlagen für Regierungsgeschäfte und parlamentarische Geschäfte erarbeitet. Zudem übernimmt das Generalsekretariat die strategische Planung und die Kontrolle der Ergebnisse. Weiter unterstützt es die Ämter und Dienststellen bei der Planung und Umsetzung ihrer Aufgaben.

Zum Generalsekretariat gehören die Bereiche Rechtsdienst, Finanzen, Controlling, IT und Infrastruktur sowie Personal und Kommunikation. Das Passbüro und die Gewerbebewilligungen und Beglaubigungen sowie die Eichämter sind als Vollzugsaufgaben ebenfalls dem Generalsekretariat angegliedert.