Stephan Berndt absolvierte eine KV-Lehre und erlangte anschliessend das Höhere Wirtschaftsdiplom und die eidgenössische Berufsmaturität. 2008 schloss Stephan Berndt das Studium an der Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften mit dem Diplom Bachelor of Science ZFH in Wirtschaftsrecht ab. 2014 erlangte er an der Pädagogischen Hochschule Zürich die Diplome Berufsfachschullehrer im Fach Wirtschaft & Gesellschaft sowie Dozent Höhere Fachschule im Nebenberuf. Stephan Berndt absolvierte im Jahr 2018 erfolgreich den Lehrgang Master of Laws in International Business Law an der University of Liverpool (England) und schloss 2019 am Eidgenössischen Hochschulinstitut für Berufsbildung das Studium zum Diplomierten Berufsfachschullehrer im Fach Wirtschaft & Recht ab.

Seine Lehrtätigkeit begann Stephan Berndt 2012 als Berufsschullehrer im Fach Wirtschaft & Gesellschaft an der Wirtschaftsschule KV Wetzikon. 2016 wurde er zum Berufsschullehrer mit besonderen Aufgaben gewählt und 2021 übernahm er die Funktion des Rektors an der Wirtschaftsschule KV Wetzikon.

Der Regierungsrat hat Stephan Berndt nun als neuen Rektor der EB Zürich, Kantonale Schule für Berufsbildung, gewählt. Per 1. November 2023 tritt Stephan Berndt die Nachfolge von Sven Kohler an, der von seinem Amt als Rektor der EB Zürich zurücktritt.