Markus Lüdin studierte Geschichte der deutschen Sprache und Literatur, Englische Literatur sowie Geschichte der englischen Sprache an der Universität Zürich. Von 1986 bis 1992 war Markus Lüdin an verschiedenen Kantonsschulen im Kanton Zürich als Lehrperson für die Fächer Deutsch und Englisch tätig. 1992 übernahm er die Funktion als Hauptlehrer an den Gymnasien Bern-Kirchenfeld. Im selben Jahr schloss er die Diplomprüfung für das Höhere Lehramt in den Fächern Deutsch und Englisch ab. Seit Herbst 2002 ist Markus Lüdin an der Kantonsschule Menzingen, Zug, als Rektor tätig.

Markus Lüdin tritt sein Amt Anfang Schuljahr 2019/20 an. Er folgt auf Donat Margreth, der als Rektor zurücktreten wird.