Zur Überwachung der Gewässerqualität untersucht das AWEL die Fliessgewässer im Kanton regelmässig sowohl chemisch als auch biologisch. Zur chemischen Überprüfung entnimmt und analysiert es monatlich Stichproben oder Wochenmischproben mit Schöpfautomaten. Den biologischen Zustand beurteilt das AWEL alle vier Jahre anhand von Untersuchungen der Fische, der Wirbellosen und der Wasserpflanzen. 

Das Messprogramm ist historisch gewachsen und wurde immer wieder an die aktuellen Anforderungen angepasst. Chemische Daten gibt es für einzelne Messstellen bereits seit Mitte der 1970er Jahre in unterschiedlichen Zeitabständen. Erste biologische Untersuchungen begannen Mitte der 1990er Jahre. Bis 2017 fanden die biologischen Untersuchungen in unregelmässigen Zeitabständen alle 4–6 Jahre statt. Seit 2018 führt das AWEL diese alle vier Jahre durch. Die neue Karte ermöglicht, über einen Link direkt die Beurteilung der Messtelle abzurufen, die einen Überblick über alle vorhandenen Untersuchungsdaten und die Entwicklung des Gewässerzustandes gibt.