Die zu lösenden Probleme sind komplex und vielschichtig. Sie reichen weit über das eigentliche Projektgebiet hinaus und sprengen auch den Rahmen rein baulicher Fragestellungen. So müssen konkrete Hochwasserschutzmassnahmen für Ellikon und das Flaacherfeld vorgesehen werden. Es sind Randbedingungen für eine ökologisch optimale Weiterentwicklung der wertvollen Auengesellschaften und des Flusslaufes zu schaffen. Aber auch für die forstwirtschaftliche und landwirtschaftliche Nutzung sowie für die Erholungsuchenden sind langfristig befriedigende Lösungen zu finden.

Einen Hinweis für die zweite Zielsetzung gibt der natürliche, charakteristische Verlauf der Thur, wie er aus alten Karten deutlich zu erkennen ist: Die Thur entspricht im Auenperimeter einem gewundenen oder mäandrierenden Fluss. Erste Ideen zur Renaturierung in dieser Richtung wurden mit der Begleitkommission diskutiert. Die Projektleitung hat für die Weiterarbeit die Anregungen und Hinweise der Kommission aufgenommen. Für die nächste Diskussionsrunde im Sommer werden daraus konkrete Lösungsvorschläge ausgearbeitet.

In der Begleitkommission sind die betroffenen Gemeinden, Naturschutzorganisationen und Landeigentümer, die Nordostschweizerischen Kraftwerke, der Kanton Schaffhausen, die Planungsgruppe Weinland sowie das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) und das Bundesamt für Wasser und Geologie (BWG) vertreten.