Die Oberjugendanwaltschaft plant, führt und steuert die Jugendstrafrechtspflege des Kantons Zürich. Das heisst konkret, dass sie die Amtsführung der fünf Jugendanwaltschaften beaufsichtigt. Sie überprüft alle jugendstrafrechtlichen Verfügungen und Entscheidungen. Ausserdem beurteilt  sie Rekurse und Beschwerden gegen die Jugendanwaltschaften und führt Jugendstrafrechtsprozesse vor Ober- und Bundesgericht. Des Weiteren ernennt sie die Rechtsvertreter für Beschuldigte und Opfer. Zu den weiteren Aufgaben gehört aber auch die Führung des Finanz- und Personalwesens sowie die Kommunikation gegen aussen. Zudem ist die Stelle für Mediation im Jugendstrafverfahren der Oberjugendanwaltschaft angegliedert.